Le Conservatoire botanique national méditerranéen de Porquerolles a vu le jour le 15 février 1979. Il a été agréé « conservatoire botanique national » en 1990. Il intervient sur l'ensemble des régions méditerranéennes continentales françaises : Languedoc-Roussillon, Provence, Côte d'Azur.
Le Conservatoire botanique réalise l'inventaire de la flore et des habitats naturels et semi-naturels, en collaboration avec un réseau de scientifiques (universités, muséums…) et de botanistes de terrain : repérage et recensement des populations d'espèces menacées, évaluation de leur état, nature et niveau de menace.
Dans ses missions d'inventaire et de connaissance de la flore sur sa zone d'agrément, le conservatoire est donc amené à réaliser des prospections, à animer un réseau de collaborateurs, à recueillir de l'information et enfin à compiler l'information historique en exploitant des documents bibliographiques. Toute cette information est traitée pour être intégrée dans les bases de données du Conservatoire qui constituent son système d'information sur la flore.
La Fédération des conservatoires botaniques nationaux (FCBN) créée en 1999 par le Ministère en charge de l'environnement a pour objectif de représenter le réseau des CBN vis à vis des pouvoirs publics, des instances nationales et internationales. La coordination technique des CBN est menée par l'Office Français de la Biodiversité (OFB).
Le réseau se constitue de 12 conservatoires botaniques nationaux agréés et de 5 CBN en structuration ou en projet d'agrément.
Le Conservatoire botanique national méditerranéen de Porquerolles est rattaché à l’établissement public administratif du Parc national de Port-Cros qui en assure la gestion administrative et financière. Des missions sont mutualisées et les agents du Parc national et du CBNMed sont amenés à travailler en commun sur des missions transversales.
